دعاء ختم القرآن الكريم الذي يدعو به الشيخ ماهر المعيقلي بعد إنتهائه من ختم القرآن الكريم هو:
- اللهم لك الحمد أنت نور السموات والأرض ومن فيهن ولك الحمد، أنت قيوم السموات والأرض ومن فيهن ولك الحمد، أنت فاطر السموات والأرض ومن فيهن ولك الحمد، أنت الحق وقولك الحق وعدك الحق ولقاؤك الحق والجنة حق والنار حق والنبيون حق والساعة حق، أنت الأول فليس قبلك شي وأنت الآخر فليس بعدك شي وأنت الظاهر فليس فوقك شي وأنت الباطن فليس دونك شي، أنت المقدم وأنت المؤخر لا إله إلا أنت تؤتي الملك من تشاء وتنزع الملك ممن تشاء وتعز من تشاء وتذل من تشاء بيدك الخير إنك على كل شي قدير، تولج الليل في النهار وتولج النهار في الليل وتخرج الحي من الميت وتخرج الميت من الحي وترزق من تشاء بغير حساب.
- اللهم يا رب جبرائيل وميكائيل وإسرافيل يا فاطر السموات والأرض يا عالم الغيب والشهادة أنت تحكم بين عبادك فيما كانوا فيه يختلفون، إهدنا لما اختلف فيه من الحق بإذنك إنك تهدي من تشاء إلى صراط مستقيم.
- اللهم إهدنا فيمن هديت وعافنا فيمن عافيت وتولنا فيمن توليت وبارك لنا فيما أعطيت واصرف عنا برحمتك شر ما قضيت إنك تقضي بالحق ولا يقضى عليك إنه لا يذل من واليت و لا يعز من عاديت تباركت ربنا و تعاليت، لك الحمد حتى ترضى ولك الحمد إذا رضيت ولك الحمد بعد الرضا، لك الحمد كالذي نقول وخير مما نقول ولك الحمد كالذي تقول لك الحمد بالإسلام ولك الحمد بالإيمان ولك الحمد بالقرآن لك الحمد أن بلغتنا شهر رمضان.
- ربنا تقبل منا صيامنا وقيامنا وجميع أعمال البر وتجاوز عن سيئاتنا، واجعلنا من عتقائك من النار، اللهم ربنا اعتق رقابنا ورقاب آبائنا وأمهاتنا وأزواجنا وذرياتنا وجميع أحبابنا من النار وأدخلنا الجنة مع الأبرار واجعلنا مع الذين أنعمت عليهم من النبيين والصديقين والشهداء والصالحين وحسن أولئك رفيقاً، يا الله يا ذا الجلال والإكرام.
- اللهم إني أعوذ بك من جهد البلاء، ومن درك الشقاء، ومن سوء القضاء، ومن شماتة الأعداء، اللهم إني أعوذ بك من الهم والحزن، والعجز والكسل، والجذام، والجبن والبخل، ومن المأثم والمغرم، ومن غلبة الدين وقهر الرجال.
